嬰兒痙攣症對大多數常用抗生素耐藥，僅對ACTH、皮質類固醇、氨乙烯酸有效。最常用的治療藥物是ACTH，每日每劑20-40IU。低劑量ACTH與高劑量ACTH一樣有效。與其它藥劑相比，ACTH比口服皮質類固醇更加有效，若是考慮到將嚴重不良事件降至最低，推薦短期低劑量的治療，可以防止顱內出血、腦萎縮、庫欣綜合征、感染、體重增加以及高血壓。由 Fukui 等人進行的一項研究發現，ACTH治療可因如下原因誘導部分癲癇發作：1)僅在ACTH治療中出現癲癇;2)腦電圖、MRI或SPECT顯示無新生癲癇病灶;3)與癲癇痙攣不同的癲癇。
皮質類固醇同樣有效;潑尼鬆龍、皮質醇和地米鬆是常推薦藥物。與劑量相關的副作用包括高血壓、腦萎縮、心肌肥大、腎上腺皮質反應性降低，因此控製劑量可有效避免。盡管合成ACTH(促皮質素)比天然促腎上腺皮質激素對患者產生更嚴重的副作用，大多數作者報告到，定期服用不會有太大問題。
自從1990年開始，在歐洲就在利用氨乙烯酸治療嬰兒痙攣症，由於結節性硬化，似乎該藥對痙攣治療高度有效，且相對副作用較少。大多數研究者認為苯二氮卓類藥物不如甾類藥物有效。
另外一些藥物，包括丙戊酸，唑尼沙胺，非氨酯，拉莫三嗪，托吡酯，和酮源性飲食(KD)，可幫助降低癲癇的發生率。因此，常在患者接受荷爾蒙治療與氨乙烯酸後給藥。在一項將氟桂利嗪作為補充治療的隨機對照試驗中，對於嬰兒痙攣症的認知結果，該藥未顯示出保護作用。
對於包括嬰兒痙攣症在內的難治性癲癇，酮源性飲食(KD)是一種有效的療法。在一項研究中，17例嬰兒痙攣症患者接受KD治療。一個月後，35%的患者不再發生癲癇，在第3個月時，65%的患者不再發生癲癇。早期KD治療(在一周歲內接受)與氨乙烯酸和類固醇後KD治療有效。非氨酯在KD治療後應答率升高。
在一項隨機對照臨床試驗中，新診斷為IS且之前未接受治療的60例患者接受0.5-1 mg/kg硝西泮每日三次治療，或每日早一次接受40 IU補充ACTH治療。隨著不斷的治療，在第6周時，63%的硝西泮組患者和30%ACTH患者獲得了最佳反應。該結果支持硝西泮比ACTH治療更加有效。在一項兩年內收錄莫桑比克第一國際兒童院的兒科神經內科60例2-24個月嬰兒的描述性研究中，基於臨床表現，80%的患者出現症狀，20%的患者屬於隱源性。
