最新來自美國西奈山衛生係統(MountSinaiHealthSystem)於當地時間5月29日刊發在國際權威期刊《科學》(Science)雜誌上的研究。該研究題為《SARS-CoV-2在紐約市的引入及早期傳播》(IntroductionsandearlyspreadofSARS-CoV-2intheNewYorkCityarea)。對84個不同的SARS-CoV2基因組的係統發育分析表明，主要來自歐洲和美國其他地區的多個獨立但孤立的引入。此外，我們發現SARS-CoV-2的社區傳播的證據，在該市不同居民區的患者中發現了相關病毒的群集。與5月11日，紐約州州長科莫(AndrewCuomo)強調，“攻擊我們的病毒來自歐洲”是一致的。
西奈山伊坎醫學院的病原體監測項目(PSP)是一個多學科、機構性的基礎設施，旨在產生高分辨率、近乎實時的病原體遺傳信息，這些病原體在來自那些在紐約西奈山衛生係統尋求治療的大量、多樣的患者。基於Illumina公司和PacificBiosciences公司的新一代測序技術，通過生物pecimen編碼、核酸提取和qPCR定量，PSP提供了病原體基因組的信息。
新冠病毒(SARS-CoV-2)是一種新型病毒病原體，在過去幾個月中新冠病毒在全球迅速蔓延，世界衛生組織(WHO)於2020年3月11日宣布大流行。美國於2月2日對中國、3月2日對伊朗、3月13日對歐洲大陸國家、3月16日對英國和愛爾蘭實施了旅行限製，以防範國際輸入病例。但是，紐約市依然成為SARS-CoV-2大流行的中心之一。
為了確定病毒在紐約市區的早期快速傳播事件，研究者對在西奈山衛生係統(MountSinaiHealthSystem)尋求治療的新冠患者病毒進行了基因測序。對84個不同的SARS-CoV-2基因組的係統發育分析表明，紐約的新冠病毒主要來自歐洲和美國其他地區的多個相互獨立的引入。此外，研究者還發現了SARS-CoV-2的社區傳播證據，這與居住在城市不同社區的患者中發現的相關病毒群集有關。
研究者利用現有的PSP基礎設施調查了在紐約市傳播的SARS-CoV-2毒株的來源，並分析了該病毒在人口密集的大都市地區的傳播情況。該研究展示了90個SARS-CoV-2分離毒株的基因組多樣性，這些毒株來自於2020年2月29日至2020年3月18日在西奈山衛生係統尋求治療的84名患者。
這些基因組表明：2020年3月的頭幾周，是多個獨立的來源將SARS-CoV-2引入紐約市。基於對全長病毒基因組序列的遺傳相似性和係統發育分析，在紐約州首次報告新冠病例後的18天內診斷的大多數病例似乎與未追蹤的傳播和潛在的旅行相關暴露有關。值得注意的是，大多數的病毒引入都來自歐洲和美國。研究者還確定了兩個病毒簇，共21個密切相關的病例，表明社區傳播已經存在。
這些觀察結果也得到了這些病例在城市內地理分布的支持，對應紐約市的4行政區中的3個，以及紐約州的5個縣。數據表明，一旦SARS-CoV-2由多個獨立來源引入並發生社區傳播，再對前往紐約實施旅行限製對預防大都市地區傳播作用有限。
疫情開始時，個人要獲得SARS-CoV-2的測試必須符合美國CDC的一套嚴格的篩選標準，並且需要獲得當地衛生部門的批準，這對紐約市的新冠測試是極大的限製。3月9日至3月14日間，情況發生了轉變，紐約西奈山醫療係統(MSHS)的新冠篩選能力得到大大擴展，於是新冠確診病例激增。這一周內，每天的SARS-CoV-2陽性檢測數量是流感病毒陽性檢測數量的5倍多。
研究者對臨床分離出的90個SARS-CoV-2基因組進行了測序，這些病毒來自截至3月18日確診84個患者(當時紐約周已有超過800確診病例)，共產生了72個完整的和18個部分(覆蓋率>95%)的新冠病毒基因組。這些病例來自紐約市4個行政區(曼哈頓、布朗克斯、皇後區和布魯克林區)的21個社區，以及韋斯切斯特縣的兩個城鎮。
樣本來自44名女性(52.4%)和40名男性(47.7%)的鼻咽拭子，年齡在20-44歲(16%)、45-64歲(33%)、65-79歲(27.4%)和>80歲(16.7%)之間。其中，68名患者有詳細的醫院就診信息，分別是：出院12例(17.6%)，入院53例(80%)，初次出院後再次入院3例(2.4%)。
圖1
研究者對84個獨立的新冠患者分離出來的病毒株進行了係統發育分析，並對截至2020年4月1日在GISAID中保存的2363個序列進行了係統發育分析。紐約市的新冠病毒分離株分布於整個係統發育樹上;並與多個獨立的引入相一致。
研究者根據氨基酸和核苷酸取代以及最大似然(ML)和貝葉斯方法的統計支持，將源自西奈山衛生係統尋求治療的患者的每個SARS-CoV-2分離株分配到主要的進化枝上。這些突變僅用於分類，因為其功能影響仍然未知。作為參考，研究團隊采用了來自NextStrain工具的進化枝命名法。
對於每個指定的分支，他們根據紐約的序列位置和可用的流行病學信息確定了不同類型的輸入事件。第一個病毒分離株來自於一位有中東旅行暴露史的患者(A3支，節點5)，第二個分離株來自於一位有歐洲旅行史的患者(B支，節點6)。其餘的分離株，
絕大多數(87%)聚集在A2a枝上。這一分支主要由來自歐洲的新冠患者分離毒株組成(72%)，這表明來自歐洲的病毒引入是3月第一周在紐約暴發的病毒主體。
圖2
進化枝A2a內的大多數紐約分離株都呈分散分布，未觀察到按國家或地理區域分組的情況。盡管起源各異，但該進化枝中的許多序列非常相似或相同，這使得在沒有其他流行病學數據的情況下無法解決病例之間的直接關係或方向性。接下來，研究者使用ML和貝葉斯係統動力學分析來推斷與紐約市相關的新冠傳播事件的時間。
對於進化枝A2a，他們估計了從1月下旬到2月中旬的一段未被追蹤的全球傳播時期，與流行病發展的流行病學觀察結果一致(表1，節點2)。A2a進化枝底部的最早序列包括從2月下旬開始來自意大利，芬蘭，西班牙，法國，英國和其他歐洲國家的分離株，以及從3月第一周開始的一些北美分離株(加拿大和美國)。在這一進化枝中，研究者鑒定出了兩個突變，以區別於紐約市和其他地區的序列簇，這表明可能至少有兩個獨立的病毒引入發生在2月初至2月中旬(表1，節點3至4)。值得注意的是，這兩個簇之一包含位於進化枝A2a中的72個紐約市分離毒株中的64個，提示社區擴散的發生。
與進化枝A2a中情況相似，進化枝A1a中的SARS-CoV-2分離株(6%)散布在方向性未知的多個區域中(圖2A，節點1)。該進化枝也主要由歐洲來源的分離株組成(82%)，詳見圖2B。
對於其餘的進化枝(B，B1和B4)，研究者鑒別在2月至3月初推斷被引入紐約的4種SARS-CoV-2毒株(表1，節點7至10)。值得注意的是，其中兩個引入毒株根據其與美國其他分離株的密切關係，可以推斷為來自於美國國內，其中就包括在華盛頓州引發主要社區傳播的分離株(進化枝B1，節點9)。最近有報道稱，該進化枝上的毒株被引入了美國東海岸(紐約位於東海岸)。盡管進化枝B中一半以上的序列是亞洲起源的(圖2B)，但與紐約分離株最接近的親戚是歐洲和北美起源的。
表1
前述測序分離株和進化枝在地理空間上，分布在紐約市所有的行政區和21個社區中(圖3)。這與紐約其他醫院中的測序分離株和進化枝時空分布相似。
圖3
綜上所述，研究結果表明，紐約的SARS-CoV-2流行病主要來自美國和歐洲之間的無追蹤傳播，該病原是從中國直接引入的證據非常有限。
盡管在2020年4月上旬可用的SARS-CoV-2基因序列數量相對較少，但該研究還是發現了位於進化枝A2a內的兩個單係病毒簇，它們幾乎完全包含來自紐約的分離株(圖2B)。一簇包括進化枝A2a中23%(17個)的分離株和總測序分離株的20%。根據郵政編碼信息，該集群的病例分布在五個縣，包括一個來自韋斯特切斯特縣新羅謝爾的樣本，該樣本是紐約市以北的大都市區的一部分，並報告了紐約州第一個記錄在案的社區獲得性感染群，報告時間是2020年3月3日。該簇的特征是ORF1b基因中的氨基酸取代A1844V。這些病毒簇的基礎是來自明尼蘇達州、華盛頓州和加利福尼亞州的分離株。紐約分離株和美國其他分離株之間的相關性表明，本地傳播的病毒可能已經通過國內途徑被引入紐約。
第二病毒簇是一個較小的群，其中包含來自曼哈頓的四個分離株和來自皇後區的一個分離株。郵編信息可用於曼哈頓的三個病例，這些病例對應三個不同的社區，進一步支持紐約發生了社區傳播。盡管大多數紐約市病例主要與歐洲的病毒進化枝混雜在一起，但這些結果表明，在紐約市內，國內引進的病毒株也可能是早期社區傳播的來源。
值得注意的是，CNN在4月連線采訪美國頂級疾控專家福奇，他也表示，“根據旅行和航班記錄發現，紐約新冠病毒源自意大利，而且是意大利北部。我對此並不感到意外。”
此前《紐約時報》也報道稱，最新的基因研究表明，新冠病毒早在2月中旬就開始在紐約地區傳播，也就是第一個確診病例出現之前的幾周，主要是來自歐洲的旅行者帶來了這種病毒，而不是來自亞洲。
