基因組變異或會促進SARS-CoV-2的傳播擴散速度

作者:佚名 來源:生物穀 日期:20-04-09

日前,一篇刊登在預印版平台medRxiv上的研究報告中,來自加利福尼亞大學等機構的科學家們通過研究發現,隨著新冠病毒SARS-CoV-2在全球傳播擴散,其傳播速度或會隨著基因組的變化而變化,對病毒基因組的監測或有望幫助公共衛生部門鎖定即將出現感染高峰的地區。

研究者Bart Weimer教授表示,我們所要做的就是確定病毒的基因組的變異能幫助預測其傳染性的改變,這篇研究報告中,我們共對150株SARS-CoV-2的基因組進行分析,其中大部分毒株來自於2020年3月1日之前在亞洲疾病爆發所分離的毒株,同時研究人員還對相關疫情爆發的流行病學和傳播信息進行了分析。

研究者們將疾病爆發分為以下幾個階段,即指數期(無爆發)、起步期、指數增長期和下降期;同時以R值或再生數(reproductive number)來定義病毒傳播的容易程度,其中R值是每個感染者引起新發感染的平均數量。隨後研究人員將所有信息組合成為一種名為GENI的指標,用於病原體基因組的識別和鑒定。

盡管僅有15個基因,但SARS-CoV-2在擴散到全球的過程中一直在發生突變,大多數改變幾乎並沒有什麼不同,但有時病毒會變得或多或少具有一些傳染性,比如,截至3月1日,疾病傳播的R值從在中國的不到2增加到了意大利的8。將GENI分值與疾病流行病學階段相比較後,研究者發現,病毒遺傳變異率的增加或立即優先於病例的指數增加,比如2月底的韓國就是這種情況,然而在新加坡,病毒變異的爆發與公共衛生機構是否能立刻控製小規模的疫情有關。

下一步研究人員計劃對獲得的2000個SARS-CoV-2毒株進行深度分析,研究者表示,以上述方式將基因組和流行病學信息進行結合或有望幫助公共衛生部門更好地控製疫情的傳播和擴散。

關鍵字:基因組變異,SARS-CoV-2,傳播,速度

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