為了推動中國外科學的迅速發展、繁榮學術氛圍和提高中國外科醫師的學術水平，沈克非主編了國內第一部大型外科參考書《外科學》，並出麵邀請國內100多位外科專家，撰寫和總結了中國外科學界各方麵的工作成果，介紹了外科的基礎理論和實踐經驗。該書在1956年出版後，獲得廣大外科醫師的普遍歡迎，一時間“洛陽紙貴”，短期內重印6次之多，發行量為數十萬冊。

在主編《外科學》的過程中，沈克非一次編輯會都沒有開過，隻是擬好目錄和選好撰稿人，征求同意後，寄一份編寫要求給撰稿人，此後就按時收稿、審閱，但改動不多。他認為，撰寫人都是外科專家，不用過多指手畫腳，文責自負。就這樣，一部高質量的《外科學》如期出版了。

為及時反映新中國外科學的發展和成就，沈克非又傾注全部心血領銜重編《外科學》第2版，不僅擴大了編寫隊伍，還將原有內容徹底更新和擴大。《外科學》第2版於1963年麵世後，立即獲得國內外同道的普遍好評，被譽為中國的“克氏外科學”。在第九次全國外科學術會議上，該書獲得原衛生部的嘉獎，至今仍然是外科領域的權威參考書。

此外，我國第一部《外科手術學》也是由沈克非組織、擔任主編的。按照他當年的初步計劃，這部《外科手術學》共分5冊，包括《腹部外科手術學》、《胸腔外科手術學》、《神經外科手術學》、《泌尿外科手術學》和《矯形外科手術學》。其中《腹部外科手術學》和《神經外科手術學》已在1965年先後出版。但當時因正值“文化大革命”前夕，這些著作一律不能注明主編及編寫人的名字，一律由人民衛生出版社出麵。盡管並無“沈克非主編”的字樣，但書中的字裏行間，無不展現著這位外科泰鬥對於中國外科事業的拳拳之心和孜孜不倦的精神。