營養基因組學從遺傳變異影響營養物需求方麵認識基因與飲食的相互作用及基因表達的營養調控，該領域未來的目標是個體化營養，這將有助於保持機體良好健康狀態和（或）預防慢性疾病的發生。

　　除遺傳與飲食外，腸道菌群對胃腸道健康亦發生著影響。克隆病與潰瘍性結腸炎均屬炎性腸病，其遺傳組分早已明確，但在全基因組關聯研究取得進展前，確切致病基因仍不清楚。若遺傳變異和微生物變異決定了飲食需求和對食物的不耐受性，則關於飲食在炎性腸病中作用的矛盾性數據將得到充分解釋。

　　目前，在基因、營養物及其他變量對健康和疾病進程影響的解讀方麵尚存在困難；代謝組學方法可能有助於將飲食的影響從環境影響中分離。而更大的挑戰可能在於，在人群水平改變飲食和行為，從而全麵探討該領域的潛在價值。