人類腸道通常居住大約1千億個細菌，近年來科學家對腸道菌群的生理功能和病理地位越來越重視，腸道菌與健康和疾病的研究已經很多，比較明確有關係的如肝癌、肥胖、代謝等，腸道菌對大腸癌的作用似乎是必然的，況且腸道菌在結腸炎的發生和發展過程中發揮重要作用，而結腸炎是大腸癌的重要危險因素。從研究證據來看，似乎沒有那麼簡單，而且結果比較複雜。

        總體結論是，腸道菌群是大腸癌形成的重要條件因素，但炎症反應和其他致癌因素是重要的誘因。沒有某些細菌不會出現大腸癌，但有這些細菌沒有炎症反應也不會形成大腸癌。

        研究人類腸道菌群健康功能的常用技術，是將人類和動物的腸道菌群移植給無菌小鼠，觀察這些細菌對動物產生的影響。2010年，科學家采集4女2男的腸道菌樣本，其中3名女性的消化道健康，另外3人有大腸癌。科學家將6人的腸道菌分別移植給無菌小鼠，然後觀察能導致大腸癌的化學誘變劑對這些動物的作用，奇怪的是，移植來自大腸癌患者腸道菌的小鼠反而不容易發生大腸癌。密西根大學微生態學家Patrick Schloss說，結果十分詭異，難道大腸癌患者腸道菌有抗癌作用。

        表型是生物學家的特殊嗜好，異常表型更能吸引科學家的研究興趣。這一結果已經說明腸道菌群和大腸癌之間存在關係。加拿大多倫多大學免疫學家Alberto Martin說，現在已經有更多研究結果也說明這個聯係，他的研究興趣是關於腸道菌與宿主生物化學聯係和大腸癌的關係。

        理論和邏輯上，腸道菌群和大腸癌可能存在聯係。腸道細菌主要定居在大腸內，癌症總是發生在大腸，很少發生在小腸，細菌生存的部位和癌症發生存在相關關係。過去10年，比較大腸癌和非大腸癌對照的腸道細菌，所有的生化分析結果都提示，腸道細菌和大腸癌存在聯係。但腸道細菌在大腸癌發生發展過程中的具體作用仍然不清楚。

        研究發現，大腸癌患者和健康人的腸道菌群不同，但不同研究之間結果相差懸殊，科學家難以確定大腸癌患者腸道菌群屬於異常或微生態失調。常見的結果是發現大腸癌患者腸道菌群有高水平的梭菌屬，梭菌屬常見於健康人口腔，在腸道內比較少見。許多研究發現，大腸癌患者腸道內大腸杆菌水平也高於健康人。

        佛羅裏達大學微生物學家Christian Jobin說，大腸癌的發生常需要幾十年，細菌類型的差異不一定是大腸癌發生的原因。

        在動物實驗中，科學家可對大腸癌從發生到形成腫瘤的整個過程進行示蹤，但對人類開展這類研究很困難。2014年，密西根大學Schloss等報道，大腸癌、癌前病變和結腸健康者三類人的腸道菌群存在明顯不同。腸道菌群結合其他風險因子如年齡、種族和體型BMI，可以提高大腸癌的預測準確度。

        但大腸癌和菌群變化之間的因果關係並不清楚，美國堪薩斯大學Shahid Umar認為，回答這個問題難度很大。

        腸道菌群能促進大腸癌發生的證據主要來自小鼠實驗，例如Schloss將大腸癌小鼠的腸道菌群移植給無菌小鼠，然後給無菌小鼠用化學誘變劑處理，結果發現，來自大腸癌小鼠的腸道菌群比來自健康動物的菌群能讓無菌小鼠發生的腫瘤更多更大。如果用抗生素殺死一些細菌，將不會誘導出腫瘤，提示腸道菌群是癌症發生的重要因素。因為這些存在促進癌症微生物的小鼠隻要不用誘變劑處理也不會產生腫瘤，說明誘變劑也是腫瘤發生的必需條件。

        為解釋細菌和大腸癌的關係，科學家將目標限製在梭菌屬、產聚酮肽基因毒素大腸杆菌和產毒脆弱擬杆菌三種細菌。這三種細菌增加腫瘤小鼠模型中容易形成大腸癌。當然也不是所有細菌都有促癌效應，

        Jobin小組發現給免疫缺陷小鼠接種大腸杆菌或糞腸球菌都會形成結腸炎，但隻有接種大腸杆菌的動物會出現腫瘤。接種大腸杆菌的動物如果沒有產生炎症反應，則不會形成腫瘤，說明炎症反應是重要條件。Jobin發現，如果將腸道內炎症環境改變的大腸杆菌基因去除，則促癌作用消失，說明炎症是啟動大腸杆菌促癌的誘因。根據約翰霍普金斯大學Cynthia Sears的研究，如果阻斷IL-17抑製炎症，脆弱類杆菌也不在具有促癌效應。IL-17在其他器官腫瘤發生中也具有重要作用。這些動物實驗結果說明，腸道細菌是大腸癌產生的重要因素，但不是唯一因素。

        大腸細菌和大腸癌的密切聯係，是否足以讓我們常規進行清腸來預防大腸癌的發生，目前的研究沒有這方麵的證據。而且腸道菌群是維持機體健康的重要因素，我們似乎隻有嗬護，但不能進行強烈的幹預手段，到底那種手段真正具有價值，也需要進一步深入研究。