人類的腸道是億萬微生物的家園。它們調節著人類的健康和疾病。7月7日的Nature推出了關於腸道菌的專題。本期專題彙集了在菌群與寄主相互作用方麵的學術帶頭人的觀點，為這些基本的生物過程和臨床應用方麵的重要進展提供了一個總的看法。
人類發育生物學中的微生物觀點
大多數人想到人類的發育時，他們往往隻考慮人自身的細胞和器官。然而，需要考慮的還有另一個方麵——和人類相關的微生物菌群。人類發育相關的微生物觀點為完善我們對健康的產前和產後成長的定義提供了機會，並發展了疾病預防和治療的創新戰略。由於生活方式和疾病模式正在發生全球化的急劇變化，該文章發出建立“人類微生物觀測站”的呼籲，旨在檢測帶有不同人類學特征的出生人群中各自的微生物菌群，包括了那些經曆的快速變化。
飲食與菌群的相互作用調節人類代謝
肥胖和相關的代謝性疾病(包括2型糖尿病)是和飲食密切相關的，這一觀點被大家廣泛接受。然而，腸道菌群也成為飲食和代謝健康這一交叉點的研究焦點。通過移植動物模式和人類中的研究的有力結合，將腸道菌群和肥胖聯係起來的機製將趨於明了。指出腸道菌群作為對宿主的代謝情況、飲食的影響的調節者方麵的知識正不斷積累。人們在該方麵的研究集中在建立它們在人類中的因果關係，以及比如個性化營養方麵治療性幹預措施的前景。
微生物菌群和先天免疫
腸道菌群是一個整合了環境方麵的輸入，如影響宿主的代謝、免疫和感染反應的飲食、遺傳和免疫信號的樞紐。先天免疫係統的造血和非造血細胞分布在寄主與微生物的界麵。這些細胞具有感知微生物或它們代謝產物的能力，並且能將信號轉化為宿主的生理反應和微生物生態的調節。先天免疫係統和腸道菌群之間的通信異常可能導致複雜疾病。
適應性免疫平衡和疾病中的微生物菌群
在腸粘膜中，免疫係統的T細胞和B細胞在特定位置的表型和功能是由微生物菌群影響的。這些菌群細胞通過抑製無害抗原的反應和加強腸黏膜的屏障功能的完整性，在維持免疫自穩態平衡方麵起了重要的作用。腸道菌群失去平衡，稱為菌群失調，會引起一些免疫係統疾病。這些都是通過離它們的誘發位點或遠或近的T細胞活性改變引起的。明了區分自穩態的差異和病原微生物與寄主之間的關係的機製，能夠鑒定預防或調解炎症性疾病的治療靶點和提高癌症免疫治療的療效。
腸道內的菌群和病原菌之間的相互作用
微生物菌群對人類健康有著重要的作用，微生物菌群的改變可以賦予對病原菌引起的感染的抵抗或促進。研究人員已經發現了抗生素對腸道菌群的影響，它們會改變腸道的營養狀況和導致病原菌群體的擴張。病原菌利用微生物來源的碳和氮的營養以及調節信號來促進自身的生長和毒力。通過引發炎症，這些細菌改變腸道環境，利用呼吸和金屬離子獲取的獨特係統驅動它們的擴張。解開微生物、寄主和病原菌之間作用的奧秘會產生如何調控微生物菌群來抵抗感染疾病的策略。
微生物菌群基因組關聯分析將微生物集群的動態狀況和疾病聯係在一起
DNA測序、蛋白質組學和代謝組學的快速發展。分析微生物菌群和鑒定它們和疾病的聯係的計算工具大大增加。特別是時間序列的研究和多分子的角度促進了微生物菌群基因組關聯的分析。它和全基因組關聯研究相似。早期的研究結果指向了微生物菌群基因組關聯分析的可操作性，雖然其臨床應用尚待批準。對微生物菌群和宿主的飲食、化學和健康的複雜的相互關係的評價，包括需要捕捉和整合這個動態界麵的觀察的頻率，對於發展基於微生物菌群的精準診斷和治療都是至關重要的。
