鑒別診斷時須考慮：①單純性甲狀腺腫。除甲狀腺腫大外，並無上述症狀和體征。雖然有時131I攝取率增高，T3抑製試驗大多顯示可抑製性。血清T3，rT3均正常。②神經官能症。③自主性高功能性甲狀腺結節，掃描時放射性集中於結節處：經TSH刺激後重複掃描，可見結節放射性增高。④其他。結核病和風濕病常有低熱、多汗心動過速等，以腹瀉為主要表現者常易被誤診為慢性結腸炎。老年甲亢的表現多不典型，常有淡漠、厭食、明顯消瘦，容易被誤診為癌症。單側浸潤性突眼症需與眶內和顱低腫瘤鑒別。甲亢伴有肌病者，需與家族性周期麻痹和重症肌無力鑒別。

        典型的甲亢有高代謝症狀，甲狀腺腫大，眼球突出等症狀，診斷並不困難，但有約20%的甲亢病人臨床表現不典型，多見於老年，年齡較大的病人，有慢性疾病的病人或是甲亢早期和輕症甲亢病人，症狀和體征不典型，往往無眼球突出，甲狀腺腫大不明顯，特別是有一些病人甲亢症狀隱匿，而以某種症狀較為突出，容易誤診為另一係統疾病，常見的不典型表現有以下幾點：

        1.心血管型 以心血管症狀為突出症狀，心動過速，心律失常，心絞痛或心力衰竭。

        多見於婦女或年齡較大的病人及毒性結節性甲亢病人，臨床上往往診斷為冠心病，高血壓性心髒病、心律失常等病。此型甲亢病人，心血管症狀用抗甲狀腺藥物治療才能緩解，單純用心血管藥物治療效果不佳。

        2.神經型 以神經精神症狀為突出表現，病人神經過敏，注意力不集中，情緒急躁、坐立不安、失眠，幻覺，多見於女性，易誤診為神經官能症或更年期綜合征。

        3.胃腸型常以腹瀉為突出症狀 大便1天數次甚至數十次水樣腹瀉。無膿血便，常誤診為腸炎，慢性結腸炎。有部分病人以腹痛為主要症狀，呈彌漫性或局限性腹痛，可類似膽絞痛、腎絞痛、潰瘍病，胰腺炎，闌尾炎，往往診斷為急腹症而收體外科治療。偶爾少數病人以劇烈嘔吐為主要症狀，甚至呈頑固性嘔吐而誤診為胃腸炎。本型多見於中、青年人。

        4.肌肉型 以肌無力、體力減退和周期麻痹為突出表現，往往無突眼，無甲狀腺腫等甲亢體征和症狀，或症狀出現較晚，多見於中年男性，多在病人飽餐後及攝入大量糖類食品發生。

        5.惡病質型 以消瘦為突出症狀，體重迅速下降，肌肉萎縮，皮下脂肪減少或消失，甚至出現惡病質，往往誤診為惡性腫瘤，多見於老年病人。

        6.低熱型 約半數甲亢病人有低熱，體溫一般<38℃，部分病人長期以低熱為主要症狀，伴有消瘦、心悸等症狀，易誤診為風濕熱、傷寒、結核病、惡急性細菌性心內膜炎等，主要見於青年人。本型低熱的特點，體溫升高與心率加快不呈正比，心率快更顯著，應用解熱藥抗生素治療無效，而抗甲狀腺藥治療效果明顯。

        7.肝病型 以黃疸、上腹脹痛、肝大，轉氨酶升高，白細胞減少為主要症狀，往往誤診為肝病。