目前存在幾個假說，包括血清胺神經元腦幹功能障礙或腦幹與局灶性或彌漫性大腦皮層異常的異常影響，皮質異常影響。下丘腦-垂體腎上腺(HPA)軸中的免疫功能障礙曾被研究。一個假說強調，早期發育中多種誘因造成促腎上腺皮質激素釋放激素(CRH)釋放，這可引起神經元興奮增加和癲癇。針對CRH過剩假說的支持證據是嬰兒痙攣症患兒腦脊液ACTH水平的降低，以及ACTH有效性和該病治療中腎上腺素糖皮質激素水平的降低。

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