不斷升級的疫情引發了針對中國新型冠狀病毒(2019-nCoV)的一係列研究活動。科學家們期望能夠盡快弄清這種病原體的來源、傳播方式、致病性，以及找到治療2019-nCoV感染的療法。

        據Nature統計，截至1月30日，已有超過50篇有關新型冠狀病毒的英文論文發表。其中，超過30篇發表在預印版服務平台上，少數發表在同行評議的期刊上，包括The Lancet、Journal of Medical Virology等。

        冠狀病毒研究發文數量(圖片來源：Nature)

        很多論文包含了對病毒傳播速度或潛伏期的估算，如1月29日發表在NEJM上一篇論文[4]通過分析武漢最早的425例確診病例發現，新型冠狀病毒平均潛伏期為5.2天。

        另有一些研究集中在病毒的結構或基因組成上，如2月3日發表的1篇Nature揭示了2019-nCoV在全基因組水平上與蝙蝠冠狀病毒96%相同，同時證實這種新型冠狀病毒使用與SARS-CoV相同的細胞進入受體——ACE2[1]。這些信息可以用來識別藥物靶點或開發疫苗。

        在治療方麵，1月31日NEJM報道的美國首例新冠病毒感染病例康複記錄進一步揭示了Remdesivir的治療潛力[3]。同時，多項研究揭示，抗HIV藥物atazanavir、efavirenz、ritonavir、dolutegravir、Kaletra[39，42]，抗丙肝藥物EPCLUSA(Sofosbuvir/Velpatasvir)[37]以及SARS-CoV特異性全人源單克隆抗體CR3022[26]等也值得關注。

        以下，我們彙總了研究新型冠狀病毒的58篇論文，包括2篇Nature、2篇NEJM、5篇《柳葉刀》、2篇Journal of Medical Virology、1篇Journal of Genetics and Genomics、32篇發表在bioRxiv上的論文、13篇發表在medRxiv上的論文以及1篇發表在ChemRxiv上的論文。

        特別提醒：57篇論文可全文免費閱讀，下載PDF。

        Nature(2篇)

        [1] A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin

        論文要點：1)揭示2019-nCoV在全基因組水平上與蝙蝠冠狀病毒96%相同;2)證實這種新型冠狀病毒使用與SARS-CoV相同的細胞進入受體——ACE2

        [2] A new coronavirus associated with human respiratory disease in China

        論文要點：揭示新型冠狀病毒與一組SARS樣冠狀病毒(曾在中國蝙蝠中鑒定出這類病毒)最為接近(89.1%的核苷酸相似)。

        NEJM(2篇)

        [3] First Case of 2019 Novel Coronavirusin the United States

        論文要點：報道了美國首例新冠病毒肺炎的治療過程

        [4] Early Transmission Dynamics in Wuhan，China， of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia

        論文要點：新型冠狀病毒平均潛伏期為5.2天，且有證據表明，自2019年12月中旬以來，密切接觸者之間已發生人際傳播。

        《柳葉刀》(5篇)

        [5] Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan， China

        論文要點：分析了2019年12月16日至2020年1月2日期間在武漢市入院的首批41例確診感染2019-nCoV的病例

        [6] A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission： a study of a family cluster

        論文要點：首篇遺傳分析研究，調查了因不明原因肺炎就診的一個七口之家

        [7] Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus： implications for virus origins and receptor binding

        論文要點：發現2019-nCoV與兩種源自蝙蝠的SARS類似冠狀病毒的關聯最為密切

        [8] Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan，China： a descriptive study

        論文要點：分析了99例實驗室確診的新型冠狀病毒感染病例，發現其中大部分患者(46例)是從事海鮮市場銷售的相關人員。

        [9] Nowcasting and forecasting thepotential domestic and international spread of the 2019-nCoV outbreak originating in Wuhan， China： a modelling study

        論文要點：估計新型冠狀病毒的R0值為2.68，並估算截至2020年1月25日，武漢市已有75 815人(95% CrI 37304–130330)被感染。

        Journal of Medical Virology

        (2篇)

        [10] Emerging coronaviruses： genome structure， replication， and pathogenesis

        論文要點：這篇小綜述簡要介紹了冠狀病毒的一般特征，並描述了人類和動物中由不同冠狀病毒引起的疾病

        [11] Homologous recombination within thespike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human

        論文要點：1)2019‐nCoV似乎是蝙蝠冠狀病毒和起源不明冠狀病毒的重組病毒;2)蛇是2019‐nCoV最有可能的野生動物reservoir。

        Journal of Genetics and Genomics

        (1篇)

        [12] Identification of potential cross-protective epitope between 2019-nCoV and SARS virus

        論文要點：揭示新冠狀病毒與SARS存在交叉保護表位，有望推動冠狀病毒通用型疫苗研發

        bioRxiv(32篇)

        [13] Modelling the epidemic trend of the 2019 novel coronavirus outbreak in China

        論文要點：模擬2019-nCoV爆發的流行趨勢

        [14] 2019-20 Wuhan coronavirus outbreak：Intense surveillance is vital for preventing sustained transmission in new locations

        論文要點：評估新型冠狀病毒到達其他國家時持續傳播的風險

        [15] Complete genome characterisation of anovel coronavirus associated with severe human respiratory disease in Wuhan，China

        論文要點：新型冠狀病毒的全基因組特征

        [16] Host and infectivity prediction of Wuhan 2019 novel coronavirus using deep learning algorithm

        論文要點：利用深度學習算法預測新型冠狀病毒的宿主和傳染性

        [17] Pattern of early human-to-human transmission of Wuhan 2019-nCoV

        論文要點：新型冠狀病毒早期人傳人模式研究顯示R0值約為2.2，表明存在持續人傳人的潛力。

        [18] The 2019-new coronavirus epidemic：evidence for virus evolution

        論文要點：提供了新型冠狀病毒初步的進化和分子流行病學分析，揭示2019-nCoV可以被認為是一種與SARS病毒不同的冠狀病毒，它可能是通過蝙蝠或其它宿主傳播，而突變賦予了它感染人類的能力。

        [19] Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential batorigin

        論文要點：新型冠狀病毒可能起源於蝙蝠，與SARS-CoV借助相同的受體——ACE2進入細胞

        [20] Functional assessment of cell entryand receptor usage for lineage B β-coronaviruses， including 2019-nCoV

        論文要點：確認人類ACE2是2019-nCoV的受體

        [21] Genomic and protein structure modelling analysis depicts the origin and infectivity of 2019-nCoV， a new coronavirus which caused a pneumonia outbreak in Wuhan， China

        論文要點：對2019-nCoV的詳細基因組和結構分析表明，該病毒是一種新型蝙蝠冠狀病毒，在遺傳上與人類SARS冠狀病毒相當遙遠。

        [22] A mathematical model for simulating the transmission of Wuhan novel Coronavirus

        論文要點：建立了Bats-Hosts-Reservoir-People傳播網絡模型，以模擬從感染源(可能是蝙蝠)到人類感染的潛在傳播。

        [23] Transmission dynamics of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV)

        論文要點：2019-nCoV可能比2003年爆發的SARS具有更高的大流行風險。

        [24] Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as aresult of a recent recombination event

        論文要點：新型冠狀病毒的全基因組進化分析否定了近期重組事件導致病毒出現的假設

        [25] Nelfinavir was predicted to be apotential inhibitor of 2019-nCov main protease by an integrative approach combining homology modelling， molecular docking and binding free energy calculation

        論文要點：nelfinavir可能是2019-nCov主要蛋白酶(Mpro)的潛在抑製劑

        [26] Potent binding of 2019 novel coronavirus spike protein by a SARS coronavirus-specific human monoclonal antibody

        論文要點：首次報道了SARS-CoV特異性全人源單克隆抗體CR3022能夠與2019-nCoV 受體結合域(receptor binding domain， RBD)有效結合。CR3022具有開發用於單藥或聯合其它中和抗體預防和治療2019-nCoV感染的潛能。

        [27] Beware of asymptomatic transmission：Study on 2019-nCoV prevention and control measures based on extended SEIR model

        論文要點：關注無症狀傳播

        [28] Preliminary estimation of the basicr eproduction number of novel coronavirus (2019-nCoV) in China， from 2019 to 2020： A data-driven analysis in the early phase of the outbreak

        論文要點：2019-nCoV的R0估算均值為2.24~3.58。

        [29] Potential inhibitors for 2019-nCoV coronavirus M protease from clinically approved medicines

        論文要點：揭示10種已上市的藥物(下圖)是2019-nCoV主要蛋白酶的潛在抑製劑

        [30] Breaking down of healthcare system：Mathematical modelling for controlling the novel coronavirus (2019-nCoV)outbreak in Wuhan， China

        論文要點：控製2019-nCoV爆發的數學模型

        [31] Therapeutic Drugs Targeting 2019-nCoV Main Protease by High-Throughput Screening

        論文要點：高通量篩選靶向2019-nCoV主要蛋白酶的治療藥物

        [32] Insights into Cross-species Evolutionof Novel Human Coronavirus 2019-nCoV and Defining Immune Determinants for Vaccine Development

        論文要點：了解2019-nCoV的跨物種進化、確定疫苗開發的免疫決定因素

        [33] Evolution and variation of 2019-novel coronavirus

        論文要點：至少有兩種不同的2019-nCoV病毒株與此次疫情有關

        [34] The digestive system is a potential route of 2019-nCov infection： a bioinformatics analysis based on single-cell transcriptomes

        論文要點：基於單細胞轉錄組的生物信息學分析，消化係統是2019-nCov感染的潛在途徑

        [35] MRCA time and epidemic dynamics of the2019 novel coronavirus

        論文要點：新型冠狀病毒的MRCA(most recent common ancestor)時間以及流行動態

        [36] The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV)uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 forentry into target cells

        論文要點：新型冠狀病毒利用SARS冠狀病毒受體ACE2和細胞蛋白酶TMPRSS2進入靶細胞

        [37] Nucleotide Analogues as Inhibitors of Viral Polymerases

        論文要點：1)推斷FDA批準的治療丙型肝炎的藥物Sofosbuvir/Velpatasvir也有潛能抑製2019-nCoV;2)描述了一種設計和合成病毒聚合酶抑製劑的新策略

        [38] Interpretable detection of novel humanviruses from genome sequencing data

        論文要點：利用NGS預測一種病毒是否可以直接感染人類

        [39] Molecular Modeling Evaluation of the Binding Abilities of Ritonavir and Lopinavir to Wuhan Pneumonia Coronavirus Proteases

        論文要點：由兩個蛋白酶抑製劑ritonavir和lopinavir組成的抗HIV藥物Kaletra對新型肺炎可能有治療作用，這種治療作用可能主要歸因於ritonavir對新型冠狀病毒肽鏈內切酶C30的抑製作用。

        [40] Highly Distinguished Amino AcidSequences of 2019-nCoV (Wuhan Coronavirus)

        論文要點：鑒定出了能夠區分2019-nCoV與所有其它已知冠狀病毒的一組氨基酸序列：兩個在1ab polyprotein QHO60603.1中，一個在表麵糖蛋白QHO60594.1中

        [41] Genome Detective Coronavirus Typing Tool for rapid identification and characterization of novel coronavirus genomes

        論文要點：提出The Genome Detective Coronavirus Typing Tool能夠準確鑒定在中國和世界各地分離到的新型冠狀病毒序列

        [42] Predicting commercially availableantiviral drugs that may act on the novel coronavirus (2019-nCoV)， Wuhan， Chinathrough a drug-target interaction deep learning model

        論文要點：建議在尋找2019-nCoV的有效治療策略時，應考慮MT-DTI模型鑒定出的抗病毒藥物清單，包括抗HIV藥物atazanavir(抑製新型冠狀病毒3C樣蛋白酶的潛力最強)、efavirenz、ritonavir、dolutegravir、Kaletra等。

        [43] Fast assessment of human receptor-binding capability of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV)

        論文要點：快速評估2019-nCoV的人類受體結合能力

        [44] Potent neutralization of 2019 novel coronavirus by recombinant ACE2-Ig

        論文要點：重組ACE2-Ig有效中和新型冠狀病毒

        medRxiv(13篇)

        [45] Novel coronavirus 2019-nCoV： early estimation of epidemiological parameters and epidemic predictions

        論文要點：估算新型冠狀病毒的R0值為3.11

        [46] Epidemiological characteristics ofnovel coronavirus infection： A statistical analysis of publicly available casedata

        論文要點：估算新型冠狀病毒的潛伏期為2-9天;建議隔離的時間至少為9天

        [47] The incubation period of 2019-nCoV infections among travellers from Wuhan， China

        論文要點：估算平均潛伏期為6.4天

        [48] Estimating the effective reproduction number of the 2019-nCoV in China

        論文要點：2019-nCoV的R0值高於SARS，致死率相當

        [49] Estimated effectiveness of traveller screening to prevent international spread of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV)

        論文要點：評估旅行者篩查預防新型冠狀病毒國際傳播的有效性

        [50] Risk of 2019 novel coronavirus importations throughout China prior to the Wuhan quarantine

        論文要點：估算新型冠狀病毒的R0值為2.56

        [51] Effectiveness of airport screening atdetecting travellers infected with 2019-nCoV

        論文要點：關注機場篩查檢測感染2019-nCoV旅客的有效性

        [52] Transmission and epidemiological characteristics of Novel Coronavirus (2019-nCoV)-InfectedPneumonia：preliminary evidence obtained in comparison with 2003-SARS

        論文要點：1)新型冠狀病毒感染的肺炎(NCIP)新確診病例和導致死亡人數的增長率明顯高於2003-SARS;2)NCIP的致死率低於2003-SARS，治愈率更高;3)NCIP患者年齡主要集中在30-50歲(68.29%)。

        [53] Real time estimation of the risk ofdeath from novel coronavirus (2019-nCoV) infection： Inference using exported cases

        論文要點：新型冠狀病毒感染死亡風險估計

        [54] Early evaluation of the Wuhan City travel restrictions in response to the 2019 novel coronavirus outbreak

        論文要點：旅行禁令將2019-nCoV從武漢擴散到中國其他城市的時間延遲了2.91天

        [55] Reconciling early-outbreak preliminary estimates of the basic reproductive number and its uncertainty： a new frameworkand applications to the novel coronavirus (2019-nCoV) outbreak

        論文要點：比較不同研究得出的新型冠狀病毒R0值

        [56] Modelling the epidemic trend of the2019-nCOV outbreak in Hubei Province， China

        論文要點：通過SEIR模擬，預測2020年1月28日至2月7日湖北將出現疫情高峰，累計7000-9000感染病例。

        [57] Early dynamics of transmission and control of 2019-nCoV： a mathematical modelling study

        論文要點：2019-nCoV具有持續人傳人的巨大潛力

        ChemRxiv(1篇)

        [58] Learning from the Past： Possible Urgent Prevention and Treatment Options for Severe Acute Respiratory Infections Causedby 2019-nCoV

        論文要點：提出了可能用於治療2019-nCoV感染患者的4種候選藥物——一種基於ACE2的肽、remdesivir、3CLpro-1和一種新型乙烯基碸蛋白酶抑製劑。

        參考資料：

        1# China coronavirus： how many papers have been published? (來源：N)

        2# 翹首以盼的流行病學數據來了|新冠肺炎(來源：NEJM醫學前沿)