日前，一項刊登在國際雜誌Nature Biotechnology上的研究報告中，來自賓州佩雷爾曼醫學院(Perelman School of Medicine)的科學家們通過研究開發了一種新方法能對DNA表麵吸附的化學基團進行測序，或有望幫助檢測癌症和其它疾病，這些化學基團能夠標記基因組中的一種DNA堿基，這些標記的差異或能控製基因的表達或沉默。

        為了能夠盡可能早地對疾病進行檢測並且提高準確性，研究人員非常感興趣在有限數量的環境中對遊離的DNA進行分析，比如從腫瘤組織進入血液中的遊離DNA。研究者Rahul Kohli博士說道，我們希望這種新方法能幫助解析小型短暫細胞群中DNA的表觀遺傳學標記，從而確定是否這種DNA來自於特殊的組織或者是腫瘤組織，而此前研究人員很難對此進行研究。

        在過去20年裏，研究人員調查了這些DNA修飾，目的在於理解多種疾病的進展並對相應疾病進行診斷，而最多的就是癌症;在過去幾十年裏，用來解析遺傳代碼的主要方法依賴於一種名為酸性亞硫酸鹽的化合物，當這種化合物被證明有效後，其也表現出了主要的局限性，比如其無法有效區分DNA堿基胞嘧啶上最常見的修飾，更重要的是，其還破壞了大部分所接觸的DNA，而且在實驗室中留下來測序的材料很少。

        研究人員所開發的新方法基於一種名為APOBEC DNA脫氨酶的免疫防禦酶類，其可以被重新定向用作生物技術研究領域;尤其是，這種脫氨酶引導的化學反應能夠達到酸性亞硫酸鹽所能達到的效果，同時也不會損傷DNA分子。Hao Wu博士表示，這一研究進展或能幫助我們理解複雜的生物學過程，比如神經係統發育的機製以及腫瘤進展等。利用這種方法，研究者就能夠使用比基於酸性亞硫酸鹽方法所需少1000倍DNA的方法來確定一種神經元細胞中的遺傳代碼。此外，這種新方法還能有效區分最常見的兩種表觀遺傳學標記，即甲基化作用和羥甲基化作用。

        最後研究者Kohli說道，基因組中被修飾的位點實際上在上述兩種標記的分布上有很大的不同，本文研究結果還能闡明這兩種表觀遺傳學標記在基因組中的重要具有特色的不同生物學角色。(生物穀Bioon.com)

        原始出處：

        Emily K Schutsky, Jamie E DeNizio, Peng Hu, et al. Nondestructive, base-resolution sequencing of 5-hydroxymethylcytosine using a DNA deaminase. Nature Biotechnology (2018). DOI: 10.1038/nbt.4204.