Nature:推出小鼠細胞的開源數據庫---Tabula Muris

作者:佚名 來源:生物穀 日期:18-10-05

        來自美國斯坦福大學、陳-紮克伯格生物中心(Chan Zuckerberg Biohub),弗吉尼亞州帕洛阿爾托醫療保健係統和加州大學的一個龐大的研究團隊組建了一個名為Tabula Muris的小鼠細胞信息的開源數據庫(網址:https://tabula-muris.ds.czbiohub.org/)。在他們發表在Nature期刊上的標題為“Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris”的論文中,該團隊描述了如何獲得這種數據庫中的信息以及如何使用它。

        隨著生物學研究不斷取得進展,科學家們發現在研究特定生物的生物學特征時,從動物的角度看問題是很有用的。在這項新的計劃中,該團隊通過逐個細胞地建立一個有關它們的信息數據庫,力求讓人們更加全麵地了解小鼠的生物學特征。為此,他們使用兩種方法從20種小鼠器官中分離出10萬多個細胞。第一種方法稱為熒光激活細胞分選(FACS),用於分離44949個細胞,而第二種稱為微流體液滴技術的方法用於分離另外的55656個細胞。這些細胞是從幾隻三個月大的小鼠中分離出來的,這就為科學家們研究健康小鼠的細胞生物學特性提供了路線圖。

        從動物身體的所有部位分離出細胞並將它們的細節放入數據庫中,這樣科學家們就以新的方式研究動物的生物學特性。比如,對阿爾茨海默病小鼠模型這樣做就揭示出整個小鼠的變化,而不僅僅是它的大腦或血液中發生的變化。它有可能更多地讓人們了解這種疾病以及它如何以全身的方式影響小鼠,以及加以擴展的話,它如何影響人類。這也可能導致人們更好地了解它的病因,並且可能導致人們開發出阻止或治愈它的方法。這種數據庫可用於研究多種疾病,包括糖尿病,心髒病甚至癌症。

        這個研究團隊指出他們的數據庫可能作為全球生物醫學研究人員的新工具。這項研究工作由陳-紮克伯格生物中心讚助,該生物中心是一個由臉書(Facebook)創始人馬克-紮克伯格(Mark Zuckerberg)共同創立的非營利組織。陳-紮克伯格生物中心也是人類細胞圖譜(Human Cell Atlas)的創建者。人類細胞圖譜旨繪製“生命的基本單位(編者注:指的是細胞)”。(生物穀 Bioon.com)

        參考資料:

        The Tabula Muris Consortium, Overall coordination, Logistical coordination et al. Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris. Nature, Published Online: 03 October 2018, doi:10.1038/s41586-018-0590-4.

關鍵字:Tabula,Muris

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