既往假定肺炎鏈球菌為最常見致病菌，“不典型致病原”為第二常見致病菌。2015年，美國疾病預防控製中心(CDC)發表關於社區獲得性肺炎(CAP)的一項報告指出，肺炎鏈球菌僅占病例的5%，3種不典型致病原(肺炎衣原體、軍團菌和肺炎支原體)僅占4%。由於肺炎球菌疫苗接種政策和不典型致病菌流行病學存在巨大差異，因此，目前難以將相關數據外推至其他國家。