明確的胃腸道梗阻、伴或不伴有狹窄的廣泛及活動性小腸克羅恩病、假性小腸梗阻患者禁忌膠囊內鏡檢查;吞咽困難、既往有腹部或盆腔手術、妊娠、多發腸憩室以及裝有心髒起搏器或其他電子儀器患者不宜膠囊內鏡檢查;妊娠期不能做膠囊內鏡檢查。以上情況均限製了其廣泛應用。

同時，膠囊內鏡檢查固有的局限性包括：其在腸腔的運動可能受控於腸道蠕動，一旦有可疑病變，不能獲取組織學檢查。因此，這可能導致病變遺漏以及發現病變需要隨後的裝置輔助腸鏡檢查確認或治療。

最近，膠囊內鏡檢查係統的發展為克服上述缺陷展現了希望，比如磁導航膠囊內鏡檢查(MGCE)係統可在體外低磁場的條件下操縱膠囊在胃腸道的移位。

虛擬色素內鏡檢查技術在膠囊內鏡檢查中的應用提高了小腸病變的檢出。卡斯特羅(Castro)等的一項研究納入對常規白光小腸膠囊內鏡檢查陰性的再發OGIB患者，對其膠囊內鏡圖像采用可擴展電子分光色彩強調技術(FICE)重新進行虛擬色素內鏡檢查，發現主要遺漏的病變是血管擴張和糜爛。此外，有分子成像和光學活檢功能的納米膠囊內鏡檢查最終有可能具備診斷和治療能力。