為了建立CRC患者組織活性增強子的全麵基因組視圖,我們共收集了80對CRC患者的組織(腫瘤及其鄰近組織)。組織采集自武漢大學中南醫院(中國武漢)接受手術治療的患者,采集時無特定標準。患者主要來自華中地區,特別是湖北省。我們優化了ChIP-Seq技術協議,並對這些樣本進行了H3K27ac 測序技術,以及相應的mRNA和輸入DNA測序。部分樣本在研究中失敗,最終我們從74個CRC組織和73個本地組織獲得了高質量的測序數據,其中73對配對(圖1A,補充圖S1,補充數據1)。我們還對43對組織進行了H3K4me3測序。我們總共產生了524個高質量的測序樣本,包括147個H3K27ac, 86個H3K4me3, 144個RNA-Seq和147個基因組測序樣本(Sup. Data 2),這為CRC研究提供了重要的表觀基因組信息。
圖1ACRC患者組織中活性增強子的注釋
補充圖S1:(A)74例大腸癌患者的臨床資料參與我們的研究。(B)曲線圖顯示CRC患者的臨床信息統計。