目前，早期乳腺癌(EBC)患者的管理模式正在從輔助治療向新輔助策略進行轉變，並作為更具侵襲性的亞型乳腺癌患者的治療標準。比如，新輔助全身治療(NST)最初用於降低局部晚期腫瘤的分期，但通過其在手術可及性、促進保乳手術和減少淋巴結切除範圍等方麵發揮的作用，現已可以用來改善手術結果。而NST的應用則使得體內的化學敏感性測試能夠進一步體現預後，其測試結果可用於指導後續治療決策。

而對於未達到pCR的三陰性乳腺癌(TNBC)和人表皮生長因子受體2(HER2)陽性亞型患者，新輔助治療後升級的新模式正在出現。最近的試驗表明，在這種情況下，卡培他濱輔助治療TNBC和曲妥珠單抗emtansine治療HER2陽性疾病均顯示出了相應獲益。

遺憾的是，盡管侵襲性疾病的根除治療對預後有積極影響，但仍有不少接受NST方案後達到pCR的患者最終仍出現了複發。一項納入5項新輔助試驗，2188名pCR患者的大型分析顯示，所有患者5年無病生存率（DFS）大約為87%；這也與近期一項薈萃分析報告的結果相似。在來自臨床試驗或隊列研究的5748名pCR的患者中，5年無事件生存率(EFS)為88%。同時在該分析中，TNBC(90%)或HER2陽性亞型(86%)pCR患者的5年EFS也顯著低於激素受體(HR)陽性疾病(97%)患者。

目前pCR患者的複發風險與幾個臨床病理學和人口統計學變量相關，包括更晚期的原發性腫瘤分期或淋巴結轉移分期、HER2陽性、年輕和臨近絕經。而盡管可依靠這些因素可對仍處於高風險的pCR患者進行前瞻性識別，並有針對性地使用強化後新輔助治療和/或更嚴格的監測方法，但關於pCR後是否會出現複發的預測目前仍無法實現。

另外，乳腺腫瘤及其微環境的分子和免疫學特征是治療效果和預後的重要決定因素。在新輔助治療中，pCR的實現由腫瘤淋巴細胞浸潤程度以及腫瘤轉錄組學特征預測，包括內在亞型和參與增殖、免疫調節和細胞信號傳導的基因表達。然而，關於這些參數對pCR19複發風險的影響的數據同樣有限。

為了確定與pCR後複發相關的轉錄組變化，我們調查了自身數據庫中實現pCR的4500名乳腺癌患者，對同一研究隊列患者原發性和複發性乳腺癌的基因及其表達進行了比較（個體內比較）。此外，我們還評估了原發性乳腺癌患者與未複發患者之間的基因表達（個體間比較）。

個體內分析顯示，與原發性腫瘤相比，複發性腫瘤中的雌激素受體信號特征表達較低（logFC=-0.595；P=0.022)。遠處轉移患者的複發性腫瘤也表現出免疫相關表達參數的表達降低。

在個體間分析中，在任何複發（logFC=-0.819；P=0.030）或遠處複發（logFC=-1.151；P=0.013）的患者中，原發性腫瘤主要組織相容性複合體II類的表達低於對照組。較晚遠處複發的原發性基因也比對照組具有更大的同源重組缺陷（logFC=0.649；P=0.026)。盡管在進行回歸校正後尚沒有任何關聯仍保持統計學意義，但結果分析仍然表明，轉錄組分析具有潛在的預後價值，並且可能有助於為有複發風險的EBC選擇最佳治療方案，並值得進一步研究。